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DATOS DEL INVESTIGADOR PRINCIPAL
Nombre Claudia Marcela Alvarez Ramos
Nombre del perfíl Investigador Tiempo Completo
Grupo de investigación Sistemas y Computación
Línea de investigación Bioinformática e Informática teórica (BIT)
Equipo del proyecto
Matilde Santos PeñasDirectora de Tesis Doctoral
TÍTULO DEL PROYECTO Sistema de análisis y detección del VPH en el cuello uterino mediante técnicas computacionales inteligentes
PALABRAS CLAVE Sistema de reconocimiento y clasificación de agentes patógenos de Nosemosis
OBJETIVOS DEL PROYECTO 1.Objetivos

1.1. Generales

1. El objetivo de este trabajo es automatizar el proceso de detección y clasificación de esporas, considerando y evaluando las diversas metodologías de tratamiento de imágenes y reconocimiento de patrones que existe en el campo de la visión artificial, relacionada con el ámbito de Visión por Computador, con el fin de seleccionar una metodología o crear una nueva, combinando diversas técnicas que permitan realizar el proceso de clasificación de esporas y diagnostico automático mediante un sistema fácil, rápido y fiable.

2. Desarrollar un sistema de gestión de datos, que sea capaz de almacenar, procesar y validar la ingente cantidad de datos que aportará el nuevo sistema analítico, proporcionando una serie de alarmas que alerten sobre las anomalías que puedan estar presentes en la muestra analizada, utilizando una serie de reglas de decisión predefinidas.


1.2. Específicos

a. Analizar las propiedades del conjunto de imágenes tomadas en el laboratorio, para determinar si el sistema de captura e iluminación pueden ser procesados.
b. Estudiar y analizar los algoritmos de reconocimiento de formas, que sirvan para detectar objetos elipsoidales y reconocer sus dimensiones.
c. Comparar los resultados de las metodologías estudiadas aplicándolas a un mismo conjunto de imágenes, para evaluar su desempeño.
d. Analizar los métodos de diagnostico de la Nosemosis de tipo C.
e. Asegurar la formación técnica de los investigadores.
f. Estudiar la evolución de las lesiones relacionadas a la Nosemosis.
PERTINENCIA ESPISTEMOLÓGICA DEL PROYECTO Siendo la epistemología el arquitecto del conocimiento y el ingeniero la metodología, sería prudente pensar que son uno y no pueden separarse, de esta forma avanza la construcción del conocimiento. Durante los primeros cuatro meses del 2012 (Enero a Abril), se realizara la primera fase de obtención y clasificación de literatura sobre los agentes patógenos de Nosemosis (especificamente Nosema Ceranae), obteniendo como resultado el comienzo del capítulo del estado del arte de la tesis doctoral (Fecha de comienzo tesis doctoral octubre de 2011, Universidad Complutense de Madrid, Facultad de Informática ).
Para continuar la investigación, primero se gestionara la adquisición de imágenes microscópicas, estableciendo contacto con el departamento de parasitología de facultad de Veterinaria de la Universidad Complutense de Madrid.
En este instante la arquitectura del conocimiento se ha realizado, dando paso al desarrollo del primero modulo de software que se encargara de realizar el preprocesamiento de las imágenes microscópicas y reconocimiento de especificaciones de las mismas.

RELEVANCIA DEL PROYECTO PARA LA INSTITUCIÓN Y PARA LOS BENEFICIARIOS DEL PROYECTO En la última década el agente patológico Nosema Ceranae (N. Ceranae) ha provocado una imperceptible pandemia, considerada aún una enfermedad emergente. En comparación con Nosema Apis (N. Apis), N. Ceranae ha sido considerada como un importante problema de salud, tanto en las abejas y particulares, como en la colonia entera (Higes, Martín & Meana, 2010), ocasionando pérdidas significativas en la producción de la miel y en la eficiencia de la polinización. Para diagnosticar una posible enfermedad en las abejas, se realiza un control de enfermedades infeccionas en los animales productores de alimentos (como lo son las abejas), de acuerdo al resultado se toman medidas para tratar las abejas y colmenas enfermas en este caso. Sin embargo, en la actualidad, no existen laboratorios especializados en el diagnostico sistematizado de esta enfermedad. Debido a esto, es un campo de investigación nuevo y amplio, en el cual se pueden utilizar herramientas de visión artificial, aplicada a una problemática específica, durante el proceso de investigación, a través del análisis de imágenes microscópicas en el área de las ciencias naturales y médicas.

Este es una de las principales razones, que hacen al proyecto tan interesante, ser pioneros en la investigación y desarrollo a nivel nacional e internacional, con colaboración en el área de investigación de la facultad de informática y veterinaria de la universidad complutense de Madrid (UCM) a nivel internacional.

Es un proyecto a largo plazo, pero con mucha proyección. Uno de mis mayores deseos es crear un vínculo de investigación entre las dos universidades (UCM – Politécnico Grancolombiano), ubicando a la facultad de ingeniería y ciencias básicas del Politécnico Grancolombiano, como uno de los pilar en Latinoamérica, como centro de nuevas investigaciones, desarrollo y semillero de los conocimientos adquiridos gracias al trabajo realizado durante el periodo de investigación de la tesis doctoral (2011-2015).

Actualmente existen herramientas robustas para el procesamiento de estas imágenes, sin embargo, su capacidad está restringida por falta de adecuación a la problemática concreta. Como ya había citado, aunque es un proyecto a largo plazo, para este año se tiene previsto avanzar en la primera etapa: Construir la arquitectura del conocimiento (Investigación) y el desarrollo del primer módulo de software (I+D), si la propuesta es aceptada. Siendo esta un avance en la tecnología computacional desarrollada en la facultad.

Durante este primer año 2012, planteo dividir el año en dos partes:
Primera parte: Primer semestre (Enero - Junio), trabajar como docente-Investigador, Segundo semestre: Investigación tiempo completo (instancia de investigación facultad de Informática, Universidad Complutense de Madrid).

Finalizo esta sección, exponiéndoles la relevancia en todo sentido como persona, docente, investigadora e Ingeniera. Aun es un tema en desarrollo, en evolución, relevante para la humanidad, y desde el punto de vista informático con visión, la evolución científica informática, nos ha dado las armas necesarias para ayudar a resolver problemas que antes no aplicaban, ni se conocían por nosotros los ingenieros, pero algunos de ellos, como yo, vemos que podemos brindar nuestro conocimiento en pro de la humanidad, para nosotros, para nuestras futuras generaciones, por una evolución de desarrollo con fundamento.
PROBLEMA DE INVESTIGACIÓN 1. El problema del despoblamiento de colmenas. Síndrome de despoblamiento de las Colmenas (SDC)

El síndrome del despoblamiento se caracteriza por la disminución del número de abejas de una colonia, sin causa aparente, hasta que las abejas sobrevivientes no pueden mantener las tareas elementales de la colonia, provocando que entre en colapso y desaparezca sin presentar una sintomatología que permita intuir el origen del problema (García, Meana, Higes, Martín, Sanz, A.; & Sanz,2005)

El denominado Síndrome de despoblamiento de colmenas, no es un fenómeno nuevo. Se detectó en España, a finales de los 90’s y principios del 2000 aunque con una difusión inferior a la actual. Existen diversas posibles causas del despoblamiento, que se investigaron hasta encontrar la causa real, que varían desde una hipótesis de despoblamiento a causa del tratamiento de las semillas de girasol con insecticidas hasta enfermedades parasitarias de las abejas (Meana, Martín & Higes,2009). Será esta última la causa real y el objeto de nuestro interés.

1.1. Detección de la enfermedad mortal “Nosemosis C”

La elevada mortalidad de las colonias de abejas denunciadas por los apicultores y veterinarios durante el periodo 2000/2005, hizo sospechar que podría ser causa de enfermedades parasitarias, debido a que se experimentó un crecimiento exponencial en los casos diagnosticados como nosemosis (OIE, 2008), durante ese periodo.

"La Nosemosis es una enfermedad parasitaria causada por un microsporidio, Nosema Apis, que se localiza y desarrolla en el interior de las células epiteliales del ventrículo, es decir, en el intestino medio de las abejas adultas.

Las lesiones macroscópicas y la detección de esporos con morfología compatible con los de N. Apis, hizo pensar que la enfermedad parasitaria era nosemosis. Sin embargo, el cuadro clínico no coincidía totalmente con la descripción de la enfermedad en las publicaciones especializadas y las características moleculares presentaban pequeñas diferencias en sus dimensiones. El tamaño aproximado del microsporidio N. Apis es 4,5–7,0 × 2,5–4,0 μm y las dimensiones de las esporas detectadas eran aproximadamente de 3,35-4,1 x 1,4-1,9 μm.
Se había detectado un agente potencialmente patógeno (N. Apis), que no era el causante de esta enfermedad mortal, pero que tenía una relación estadística entre sus esporas y la desaparición de las abejas.

Se realizó un cambio en la metodología al investigar un nuevo parásito: N. Ceranae, que afectaba hasta el momento sólamente a las abejas asiáticas. Gracias a este cambio se detectó que este nuevo agente patógeno es el causante de la enfermedad mortal, conocida ahora como Nosemosis de tipo C (Coloss, 2009).
Comenzando así una carrera a contrarreloj en donde se buscan, entre otras cosas, nuevos métodos diagnósticos para detectar el parasito. Siendo este nuestro objetivo principal.

1.2. Control de las enfermedades parasitarias

El control de las enfermedades infecciosas en los animales que producen alimentos es un aspecto esencial de la medicina veterinaria e incluye el diagnóstico de la enfermedad así como las medidas para tratar los animales enfermos y evitar la propagación de la enfermedad. El control de las enfermedades de las abejas productores de miel es necesario para mantener su papel como productor de alimentos (miel, polen, etc) y como polinizadores de los cultivos y vegetación silvestre (Higes, Martín & Meana, 2010).

1.3. Métodos de Diagnóstico

Los métodos tradicionales utilizados en la detección de N. Ceranae se basan en análisis microscópicos (OIE, 2008), métodos moleculares o microscopia electrónica de transmisión y técnicas de PCR (Higes, Martín & Meana, 2010).
Ahora es más común utilizar sistemas de captura de datos, que poseen herramientas robustas o módulos de procesamiento de imágenes que permiten realizar el tratamiento y reconocimiento completo de las partículas o microorganismos en las imágenes muestreadas.

Desde la época de los 90’s se han desarrollado e implantado sistemas informáticos en los laboratorios (Furundarena, 2009) (Anguita & Pérez, 2009), con el fin de clasificar y/o diagnosticar enfermedades a través de visión artificial.
El diagnóstico de enfermedades parasitarias en las abejas se sigue realizando mediante los métodos tradicionales de análisis microscópicos. Sin embargo, las investigaciones desarrolladas en la fase de detección del ciclo biológico de los microsporidios N. Apis y Ceranae (Martín, Meana, García-Palencia, Marín, Botías, Garrido-Bailón, Barrios & Higes, 2009), utilizan técnicas de procesamiento de imágenes para observar los cambios de temperatura para analizar si el ciclo de vida depende de la temperatura.
Para otro tipo de microsporidio como lo es N. Bombi se utilizaron técnicas de procesamiento de imágenes (medición), para calcular la intensidad de la infección producida por este parasito (Otti & Schmid-Hempel, 2007).
Estos son algunos de los trabajos más conocidos desarrollados con técnicas de visión por computadora para analizar y medir microsporidios.
Otros trabajos que han utilizado técnicas de visión por computadora para clasificar, medir y cuantificar partículas parecidas a las esporas, citan la problemática de detección, caracterización (forma, tamaño y color), en (Sossa, Osorio, Prieto & Angulo, 2002) para realizar la clasificación de núcleos de células en las imágenes de microscopio de citologías del epitelio escamoso. Otras estrategias de gestión requieren la cuantificación y medición del tamaño y distribución de partículas de polvo (Igathinathane, Melin, Sokhansanj, Bi, Lim, Pordesimo & Columbus, 2009), entre otros.
METODOLOGÍA Para obtener la mejor solución al problema enunciado, se decidió realizar un plugin mediante la plataforma de desarrollo y la herramienta de procesamiento de imágenes ImageJ, tambien de dominio publico. La metodología que se realizara para obtener los mejores resultados al reconocer y clasificar los microsporidios de las imágenes es:

1. Adquisición de imágenes (microscópicas), preProcesamiento de imágenes (Corrección de iluminación e intensidad y eliminación de reflexión especular), segmentación (Textura y formas de las esporas) y reconocimiento de tamaño y clasificación según reporte.
RESULTADOS ESPERADOS Año 2012
1. Comienzo del capítulo del estado del arte de la tesis doctoral (Fecha de comienzo tesis doctoral octubre de 2011, Universidad Complutense de Madrid, Facultad de Informática).
2.Escribir Articulo Sistema de reconocimiento y clasificación de agentes patógenos de nosemosis (Tesis Maestría Investigación Informática, Universidad Complutense de Madrid). Investigación previa que le otorga a nuestra institución (Politécnico Grancolombiano) un vínculo importante con la universidad complutense de Madrid.
3. Creación de repositorio de imágenes microscópicas.
4. Desarrollo de software del modulo de pre-procesamiento y reconocimiento en las imágenes microscópicas.
DURACIÓN DEL PROYECTO
POSIBLES FUENTES DE FINANCIACIÓN EXTERNA
REVISIÓN BIBLIOGRÁFICA Anguita, J. & Pérez. A. Aplicaciones informáticas para la gestión documental de los sistemas de calidad en el laboratorio clínico. http://www.aehh.org/documentos/HAEMAT_PONENCIAS_09_(01-146).pdf, J. haematologica (edición española), Vol. 94 (Extra 1), págs 138-141, 2009.
Burge, W. & Burge, M. J. Principles of Digital Image Processing, Fundamental Techniques. (Histograms, págs 52; Point Operations, págs 55- 63), Springer, 2009.
Canny, J. A computational approach to edge detection, IEEE Trans. Pattern Analysis and Machine Intelligence, págs 679–714, 1986.
Cerda, M. Reconocimiento de Bordes en Imágenes, un enfoque aplicado, Memoria (Antecedentes, págs 6-20), 2007.
Collins, T.J. ImageJ for microscopy, J. BioTechniques, vol. 43, No. 1, págs 25-30, 2007.
Coloss, Nosema disease: lack of knowledge and work standardization, Proc. Workshop (COST Action FA0803), http://www.coloss.org/news/nosema-workshop-proceedings-online, 2009.
Dave, R.N. Generalized fuzzy c-shells clustering and detection of circular and elliptical boundaries, Pattern Recognition, Vol. 25, No 7, Págs, 713–721, 1992.
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Furundarena, J.R. Herramientas de ayuda a la validación de resultados en hematimetría, http://www.aehh.org/documentos/HAEMAT_PONENCIAS_09_(01-146).pdf, J. haematologica (edición española), Vol. 94 (Extra 1), págs 126-138, 2009.
García, M.P.; Meana, A.; M.; Martín; Sanz, A.; Álvarez, N.; Sanz, A. El síndrome de despoblamiento de las colmenas en España, consideraciones sobre su origen. J. Vida apícola, Vol. 133, págs 15-21, 2005.
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ENTREGABLES
CRONOGRAMA
TIPO DESCRIPCIÓN F.INICIO F.FINAL
Actividad Obtener y clasificar literatura de la Nosemosis 20/01/2012 30/04/2012
Actividad Establecer contacto con el departamento de veterinaria de la universidad Complutense de Madrid para gestionar la adquisición de imágenes microscópicos y aprendizaje de resultados de la nosemosis. 01/02/2012 31/03/2012
Actividad Establecer contacto con la facultad de Informática de la Universidad Complutense de Madrid. Con el fin de obtener las fuentes originales de las imágenes microscópicas trabajadas durante la tesis de maestría. 01/02/2012 30/04/2012
Actividad Escribir como resultado el comienzo del capítulo del estado del arte de la tesis doctoral (Fecha de comienzo tesis doctoral octubre de 2011, Universidad Complutense de Madrid, Facultad de Informática ). 30/04/2012 30/06/2012
Actividad Escribir Articulo Sistema de reconocimiento y clasificación de agentes patógenos de nosemosis. Investigación previa que le otorga a la institución un vínculo importante con la universidad complutense de Madrid 01/02/2012 30/04/2012
Entregable Entrega primera versión artículo 30/04/2012 10/05/2012
Actividad Adquirir imágenes microscópicas parásitos 01/04/2012 30/06/2012
Actividad Obtener literatura acerca de lo métodos diagnósticos de nosemosis 01/04/2012 30/06/2012
Actividad Desarrollo del modulo de reconocimiento en las imágenes microscópicas 01/07/2012 30/09/2012
Entregable Entrega primera versión software 15/11/2012 11/12/2012
PEDIDO DE BIBLIOGRAFÍA
AUTOR TÍTULO EDITORIAL
ANEXOS